スイレン類の系統関係について
植物の分類体系には新エングラー(1964)・クロンキスト(1988)の体系などが良く使われているが、いずれもハスとスイレンはこれまで近縁だとされてきた。ところが、Chase ら(1993)によって葉緑体遺伝子のrbcLを使って明らかにされた系統関係（下図）によると、こららは系統的に離れていることが明らかになった。またスイレンは被子植物の中でも、ドクダミ・センリョウなどとともに原始的な古草本類(Paleoherb)に属する。実際に今から１億２０００万年前、初期の白亜紀の地層からスイレン類の祖先種の化石が見つかっており、これは最古の被子植物の化石である(Nature 410:357-360, 2001)。この花の直径は１ｃｍ以下だったようだ。
このスイレンの属するスイレン目（科）をより細かく分類したのが以下の図である。スイレン科に属する植物は６属ああるが、いずれも種数も少ないものが多い。スイレン属は全世界に分布し、４０種（５０種とも言われる）、コウホネ属はユーラシア大陸・北米の北半球に広く分布し約７〜２５種、オオオニバス属は南米に２種、オニバス属が熱帯〜温帯アジアに１種、バルクラヤ科はインド・マレーシアの小川や湿地帯に自生し１属４種、オンディネア属は西オーストラリア・キンバリー高原の奥地にたった１種分布する。
スイレン属をより細かく分類すると以下のようになる。図中の（）内に示した数字は亜属の場合は属する種数、種の場合は記載されている亜種の数である。変種等はより多数存在している。また赤字の種は園芸品種の成立に貢献した種を示している。Hydrocallis亜属（主に中南米に分布）に属するスイレンは、夜咲きで開花時間が短い・栽培が難しいなどの理由で一部の種がアクアリウム用に流通している以外、園芸的にはほとんど利用されていない。
以下の図はGRIN databaseおよびVictoria Adventureを参考にした新しい分類によるもので、現在ではオーストラリアのスイレン(Anecphya)はギガンティア１種から7種に増えている。熱帯昼咲きも種の増減があり、Nymphaea(Castalia)亜属のChamaenymphaea節はtetragonaに加えて、leibergii（北米産ヒツジグサ）, pygmaea（日本を含むアジア産ヒツジグサ）が追加されている。またtuberosaはodorataの亜種となった。熱帯夜咲き(Lotos亜属）ではlotusとpubescensの２種になり、品種の成立に重要な役割を果たしたrubraはpubescensに吸収されている。Hydrocallisは基本的には変更はない。
